El 30 de junio de 1810, por decreto de la Primera Junta, redactado por Mariano Moreno, el Coronel Martín Jacobo Thompson es nombrado primer Capitán de Puerto de las Provincias Unidas del Río de la Plata. Este hito histórico equivale al acta de nacimiento oficial de la actual Prefectura, siendo por ello que el 30 de junio de cada año, es conmemorado el Día de la Prefectura Naval Argentina. La Prefectura es la Autoridad Marítima Argentina por antonomasia, conforme lo consagra la Ley General 18.398, la Ley de la Navegación 20.094 y la nutrida legislación que en forma coincidente define el amplio y homogéneo perfil de sus competencias. Asimismo lo es, y en virtud de su tradición histórica y funcional, inalterable a través del tiempo, que la identifica como el órgano a través del cual el Estado ejerce la policía de seguridad de la navegación y de la seguridad y el orden público en las aguas de jurisdicción nacional y en los puertos.
Además es órgano de aplicación de los convenios internacionales relativos a la seguridad de la vida humana en el mar, la prevención y la lucha contra la contaminación y las materias técnicas y jurídicas relacionadas, conforme lo establecen las leyes de aceptación del país. También cumple funciones en ejercicio de las obligaciones del país como Estado de Abanderamiento y Estado Rector del Puerto, para el registro de los buques y el control de sus condiciones de seguridad, según las leyes y reglamentaciones que le asignan estas competencias y los acuerdos internacionales respectivos. La Prefectura es, en suma, la Autoridad Marítima Argentina por excelencia, por la multiplicidad de circunstancias generales y específicas que abarcan sus responsabilidades y en mérito a la legislación que reiteradamente lo expresa, definiendo nítidamente su perfil institucional en el concierto de los organismos del Estado. También cumple importantes misiones en la Antártida.
